„Genomowa Mapa Polski w otwartym dostępie – digitalizacja zasobów biomolekularnych pracowni Biobank UŁ"

Głównym celem projektu jest digitalizacja genetycznych zasobów pracowni Biobank oraz udostępnienie ich z wykorzystaniem repozytorium Local EGA. Local EGA - lokalna (Polska) instancja Europejskiego Archiwum Genomów i jako pierwsza w kraju powstanie na Uniwersytecie Łódzkim.


FE_POPC_poziom_pl-1_rgb

Pracownia Biobank uzyskała dofinansowanie projektu pt. „Genomowa Mapa Polski w otwartym dostępie – digitalizacja zasobów biomolekularnych pracowni Biobank UŁ”


Głównym celem projektu jest digitalizacja genetycznych zasobów pracowni Biobank oraz udostępnienie ich z wykorzystaniem repozytorium Local EGA. Local EGA - lokalna (Polska) instancja Europejskiego Archiwum Genomów i jako pierwsza w kraju powstanie na Uniwersytecie Łódzkim. Wykorzystanie repozytorium Local EGA oznacza włączenie przechowywanych w nim danych do Europejskiego ekosystemu naukowo-badawczego (nadzorowanego przez Europejski Instytut Bioinformatyki, Center for Genomic Regulation i konsorcjum Elixir) otwierając drogę do realizacji międzynarodowych projektów badawczych. W repozytorium dane będą mogli zdeponować wszyscy zainteresowani udostępnianiem danych naukowcy nie tylko z UŁ. Zastosowane mechanizmy kontroli dostępu – komitet dostępu do danych (skład określany przez dysponenta zbioru) oraz szyfrowanie z wykorzystaniem infrastruktury klucza publicznego zapewnia kuratorowi zbioru całkowitą kontrolę nad udostępnianymi danymi oraz warunkami na jakich dostęp może zostać przyznany.


Wygenerowane w trakcie projektu dane (pełne genomy i egzomy) stworzą interesujący dla badaczy zbiór danych o szerokich zastosowaniach w nauce w szczególności w rozwoju medycyny spersonalizowane. Pozwolą także na dalsze kontynuowanie prac badawczych prowadzonych w ramach pracowni, nad zmiennością genetyczną populacji Polskiej.


Efektem realizacji projektu będzie również zwiększenie możliwości analitycznych Biobanku Łódź poprzez zakup wysoko przepustowego sekwenatora nowej generacji (NGS). Otwierając w ten sposób szanse na stworzenie na Uniwersytecie Łódzkim specjalistycznego centrum sekwencjonowania genomu o zasięgu globalnym.



Finansowanie dla projektu Uniwersytetu Łódzkiego wynosi 10 000 000 PLN. Kwota dofinansowania ze środków europejskich to 8 463 000zł
Projekt jest finansowany z Programu Operacyjnego Polska Cyfrowa
Kierownik projektu – mgr inż. Błażej Marciniak
Wydział Biologii i Ochrony Środowiska, Zakład Biofizyki Błon, Pracownia BIOBANK